O Paço dos Duques beneficiou de obras de reconstrução entre 1937 e 1959. Apesar de estas obras ultrapassarem o ano 1959, oficialmente, considera-se esta data como a baliza temporal das obras pois marca a inauguração do Paço como Residência Oficial da Presidência da República a 24 de junho de 1959 (ou Residência de verão da Presidência da República, como era denominado pela imprensa da época) e como Museu, a 26 de agosto de 1959.
Estas obras de beneficiação foram pautadas por vicissitudes várias, devido sobretudo à sua conturbada história, à escassa documentação existente e ao contexto histórico particular em que esta recuperação se desenrolou.
As obras de reconstrução do Paço dos Duques de Bragança efetuadas pela Direção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais (DGEMN), com projeto da autoria de Rogério de Azevedo, tiveram por base uma atenta observação comparativa de paços senhoriais franceses e, ao que se crê, catalães. O Arquiteto Rogério de Azevedo em colaboração com Arquiteto Baltazar Castro, é o responsável pela intencionalidade artística e historiográfica da intervenção, tendo sido o seu trabalho uma referência onde, os arquitetos que se seguiram na direção da obra, se inspiraram.
A intenção de restauro foi desde logo criticada. Primeiro por Marques da Silva, no Jornal Noticias de Guimarães, de 6 de maio de 1934: "completar o que se não conhece, inventando, é atentar contra a arte, contra a verdade histórica", (conservação das ruínas) "tão interessantes como sugestivas, impregnadas de toda a ação do passado e que mais ferem a nossa sensibilidade é o que se faz nos países cultos do mundo. Desnaturá-las para ficarem muito compostas e completas, fazendo-se novo onde nada existia ou existia diferentemente é um crime. E sem dúvida, para se conseguir a adaptação do Paço dos Duques, ter-se-ia de construir mais de novo do que existe de antigo".
Mais tarde, em 1942, conhecendo já o projeto e os trabalhos que então se desenvolviam no Paço, Alfredo Pimenta comentou no Correio do Minho: "reconstituição dos Paços dos Duques é mero problema de desafiar a crítica. A qualquer solução que se lhe dê, em face da penúria absoluta de documentos é puramente conjetural: não sairemos nunca do mundo das «reconstituições integrais»".