O Paço dos Duques de Bragança foi ocupado como Quartel Militar entre 1807 e 31 de dezembro de 1935. Durante este período, foram várias as unidades militares que estiveram aquarteladas no Paço.
A ideia de utilizar o Paço dos Duques como Quartel Militar é, no entanto, anterior às Invasões Francesas. Numa carta datada de 1790, José Diogo Mascarenhas Neto, Corregedor de Guimarães, propõe que se transmita ao rei a remodelação do Paço para aquartelamento de tropas.
Em 1807, segundo o Padre António Caldas, aquartelava-se em Guimarães o Regimento de Infantaria n.º 15, como consequência da primeira invasão francesa comandada pelo General Junot. Não está, no entanto, comprovada a presença dos militares no Paço. Só num documento de 17 de julho de 1816 se indica com clareza que estavam em marcha obras de adaptação do Paço para o acomodamento de militares.
Sabe-se no entanto que, pelo Decreto de 29 de fevereiro de 1816, publicado no Rio de Janeiro e em Lisboa no mesmo ano, foi decidido instalar em Guimarães o Regimento de Infantaria n.º 15, recém-chegado do Rio de Janeiro, alegando-se “[…] como naquella villa se acha construído de novo o Quartel permanente para um Batalhão com amplas acomodações para o seu estado completo […]”.
Desde a Restauração da Independência em 1640 que o Paço dos Duques de Bragança esteve incorporado na Casa das Rainhas e, mesmo com a ocupação militar, a sua “Ala Norte” foi usada até 1834 como armazém onde a Rainha recebia as suas rendas de reguengo. Esta situação terminaria com a extinção do vínculo da Casa das Rainhas no decreto publicado a 9 de agosto de 1834, passando os militares a ocupar todo o Paço, considerado já propriedade do Estado.
A presença militar no Paço dos Duques até 1935 foi permanente, tendo sido nele alojados diversos Regimentos e Batalhões.