A ideia de adaptar o Paço dos Duques a Palácio Nacional, com um museu visitável, nunca foi expressa de forma oficial. Havia divergências entre os responsáveis políticos portugueses, os altos cargos diretivos e os arquitetos da Direção Geral Edifícios e Monumentos Nacionais, no que respeita à utilização a dar ao edifício. Estes pretendiam que o Paço albergasse um pequeno museu, mas o Ministro das Obras Públicas, Arantes de Oliveira, preferia dar-lhe uma função política. Este ministro dá indicação para que as dependências dos dois lados da Capela fossem destinadas a receber dois Chefes de Estado, pelo que, metade do edifício teria uma função exclusivamente residencial.
A outra parte, ou seja, o restante edifício, enquanto era concluído o seu restauro arquitetónico, era entregue à Comissão de Mobiliário para definir a utilização das salas que restavam do Paço, concretamente todo o rés do chão e o piso nobre do Paço, o 1º andar. Essa comissão seria a responsável pela conceção do restante monumento como solar nobre visitável, de forma a ir ao encontro do critério principal de estabelecer uma residência presidencial e de receção de convidados de honra.
Esta conceção decorativa tentou reconstituir “como teria sido a vida no interior do Paço no fim da Idade Média, deduzidas através da planta do edifício e dos seus elementos interiores”. Seriam criadas denominações para cada sala, que seriam mantidas como critério museológico, com base na interpretação que os elementos que a Comissão de Mobiliário teceram acerca da primitiva funcionalidade e articulação dos espaços.
Esta comissão deixa, no entanto, claro que não podia conseguir uma “reconstituição integral, fixada apenas na época dos seus primeiros proprietários, porque o edifício vai ser hoje chamado ao desempenho de funções que permitam utilizá-lo”. Logo, os dois motivos para não se adotar mobiliário e decoração exclusivamente medieval foram, a impossibilidade prática de conseguir em tão pouco tempo e custo financeiro aceitável um recheio de mobiliário exclusivamente medieval, e também, por respeitar a índole nacionalista desta obra.
Segundo este critério reconstitutivo, a réplica era assumida como o recurso mais acessível para se obterem peças de mobiliário da forma menos onerosa. Considerava-se mesmo que as réplicas tinham, do ponto de vista de servirem de “lições de história”, o mesmo mérito artístico e valor documental. A utilidade prática do monumento restaurado conferia validade moral e justificativa ao restauro.
O Arq. Luís Benavente, diretor do Serviço de Monumentos da DGEMN entre 1952 e 1959, afirmou que “não tem de preparar-se um tal Paço apenas para ser visto, mas para ser vivido” e que “a conclusão das obras obriga à utilização de tão importante edifício, cuja depreciação seria imediata e consequente da sua falta de destino, ou do seu encerramento”.
Por despacho do Presidente do Conselho, Dr. António de Oliveira Salazar, publicado no Decreto-Lei 42.365, de 4 de julho de 1959, o Paço dos Duques passa a ser equiparado a Palácio Nacional. Em 1959, a 26 de agosto, é aberto pela primeira vez ao público, como Museu, tendo recebido cerca de 200 visitantes nesse dia.