Ao contrário do que é dito frequentemente, a construção do Paço dos Duques de Bragança em Vila Viçosa não originou um imediato abandono do Paço de Guimarães pelos Duques de Bragança. Terá sido apenas durante o domínio Filipino que o processo de degradação do Paço se iniciou.
O processo de degradação terá começado durante a Dinastia Filipina com a doação de Guimarães ao castelhano D. Diogo da Sylva e Mendonza, em 1616. No entanto, esta fase de degradação durante o domínio filipino só surge documentada no reinado de D. João IV, quando em 1666, os frades capuchos solicitam autorização para utilizar a pedra do Paço para a construção do seu mosteiro. Anteriormente, as freiras de Santa Clara, em 1611, já tinham requerido a “pedra do muro que estava junto dos Paços”. Isto leva-nos a supor que o Paço se encontraria abandonado no século XVII.
A salvação do Paço Ducal parece ter sido a revolta dos vimaranenses contra a sua demolição, dado que, nas duas datas mencionadas anteriormente, 1611 e 1666, se insurgiram contra o “desprezo” de Filipe II e D. João IV pelo Paço vimaranense.